DDD

Personalment, jo no hi posaria aquest aclariment entre parèntesi, perquè tampoc no li posem a altres etiquetes (DOI, ISSN, ISBN, etc.). Qui sap què és, ja ho entén, i qui no, no crec que li molesti tant, o tampoc no necessàriament ha de saber què és això de PubMed.

Pel que fa a la URL, he vist que encara es pot abreujar una miqueta més; per exemple:

• http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=18488557
• http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18488557

Perfecte, t'ho compro tot :-)))

Quan estigui tanca la tasca.

També caldria qe aparegués en els registres en html pels cercadors, com a PubMed IDs

citation_pmid

si l'identificador es pot posar automàticament perfecte i seguim amb la tasca però les biblioteques no completaran els registres manualment. (Reunió DiR 14/07/2016)

programa python programado: doi2pmid.py

de momento solo comprueba todos los articulos con DOI en DDD:6040 records to fix

NCBI provee de una serie de API para acceder a sus bases de datos
(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/home/develop/api.shtml)

en el directorio ddd@mompou:~/download/pubmed/edirect estan descargadas las "e-utilities".
A traves de ellas es posible obtener el pmid desde el numero DOI.
Por ejemplo si queremos el pmid de https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=10.1074%2Fjbc.M806173200:
./esearch -db pubmed -query "10.1074/jbc.M806173200" | ./efetch -format docsum|./xtract -pattern DocumentSummary -element Id

retorna 19117952

En la pagina: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmctopmid/ indica:
"Another option for obtaining PMIDs and DOIs for article in PMC is to download an identifier cross-reference file from our FTP site, as documented in the FTP Service page."

que enlaza a la pagina: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/tools/ftp/#Obtaining_DOIs y dice:
"...
The top level directory for the service contains a set of file lists to be used when retrieving files from the three open access directories.
The base URL of the FTP site is ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/pmc
..."

y en esa dirección FTP "ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/pmc/" esta el fichero "PMC-ids.csv.gz" que contiene entre otros valores el DOI y el PMID:
Journal Title,ISSN,eISSN,Year,Volume,Issue,Page,DOI,PMCID,PMID,Manuscript Id,Release Date
Breast Cancer Res,1465-5411,1465-542X,2000,3,1,55,,PMC13900,11250746,,live
Proc Natl Acad Sci U S A,0027-8424,1091-6490,2000,98,1,87,10.1073/pnas.98.1.87,PMC14549,11134513,,live
...

descargamos ese fichero el dia 18 de cada mes, en el crontab:
Tasques mensuals
00 01 1 * * _{/bin/monthly.sh
18 18 18 * *} /bin/getpmids.sh

y lo descarga en ~/var/lib/pubmed/PMC-ids.csv

el fichero python con la programacion para añadir el PMID es: doi2pmid.py
En fecha 5 de octubre quedan 5633 registros por actualizar

Añadido "doi2pmid" al fichero: ~/bin/hourly_weekend.sh para que se ejecute los fines de semana

eliminado "doi2pmid" de
~/bin/hourly_weekend.sh
~/bin/daily.sh

y añadido a
~/bin/monday.sh

"...tenim tots els dois que no són (ni seran mai) de medicina, i que
mai no estaran en el PubMed (filologia, geologia, enginyeries, etc.).
Per tant, sempre tindràs molts candidats. Com que això és així,
potser valdria la pena passar el script de diari a setmanal, perquè
llegir 5000, 6000 o cada vegada més milers de registres cada dia de la
base de dades en format Marc és molt costós i triga molta estona. Per
exemple, el treus del daily.sh i el passes a monday.sh. ..."

"...Si tens 6.000 registres candidats, els has de llegir un a
un per veure si pròpiament se li ha d'afegir la 024. I aquesta
quantitat anirà augmentant, perquè cada cop tenim més dois. Fer la
lectura cada dia d'aquests candidats, entenc jo, és excessiu per la
poca quantitat de pmids que hi afegirem. Crec que amb un cop a la
setmana n'hi hauria d'haver prou..."